Latince ” inquisitio” yani “soruşturma” anlamına gelen Engizisyon mahkemeleri, Ortaçağ’da Katolik Kilisesi’nin dini inançlara karşı gelenleri cezalandırması amacıyla, Papa IX. Gregorius tarafından kurulmuştur. Hristiyanlık ilkelerine karşı gelenlerin cezalandırılması sadece kilisenin değil, imparatorun da isteğiydi. Çünkü o dönemde dine isyan etmek, devlete isyan etmekle aynı görülmüştür.
Engizisyon Mahkemeleri, Roma’daki papalık tarafından idare ediliyordu. Mahkemelerin hakimleri o bölgenin din adamları arasından seçiliyordu. kişileri papa onaylardı, görevden çıkarmakta yine Papa’nın yetkisi altındaydı.
Mahkeme, bir sorgucu kurulu, noter ve iki tane hukuk uzmanı eşliğinde gerçekleşirdi. Mahkuma avukat verilmezdi. Önemli olan suçunu itiraf edip etmemesiydi. Ayrıca sorgucular suçlamalarını hem Latince (kilisenin resmi dili), hem de mahkumun ana dilinde yapıyorlardı.
Sapkın olarak nitelendirilen kişiler aforoz ediliyordu. Sanık suçunu itiraf ederse doğal bir şekilde ölüme mahkum ediliyordu. Engizisyon Mahkemeleri’nin verdiği ölüm cezası ise üç farklı şekilde uygulanıyordu;
-Diri diri toprağa gömme
-Suda boğma
-Ateşte yakma
Suçlarını itiraf etmeyenlere, “Ben masumum” diyenlere akla hayale gelmeyecek işkenceler yapılıyordu. Bunlardan bazıları; diri diri yakmak, mahkumu testereyle ortadan ikiye bölmek, tavana el bileklerinden asıp ayaklarına ağırlık bağlayarak kol ve bacaklarının çıkmasını sağlamak, suçlunun boğazına keten bez tıkayarak su dökmek, yırtıcı hayvanların önüne atmak ve bir gergiye kablolarla bağlayıp kablo uçlarını döndürerek vücuda batmasını sağlamak. Bu yöntemler arasında en korkuncu “Böğüren Boğa” yöntemiydi: Mahkum metal bir boğanın karnına koyulur, altında ateş yakılarak canlı canlı yakılıp öldürülürdü.
Ölen kişilerin malları kilise mensupları arasında paylaşılıyordu. Bu işkenceler yüzünden insanlar komşularını, yakınlarını hatta aile bireylerini ihbar etmekten çekinmemişlerdir. Çünkü kendilerinin de kafir ilan edilmelerinden korkuyorlardı.
Engizisyon Mahkemelerinin cezalandırdığı insanlar arasında ünlü felsefeciler ve bilim adamları da bulunmaktadır; Rager Bacon, Ockhamlı William, Galileo Galilei…
Avrupa’da kapitalizmin gelişmesi ve pragmatik bilimleri de beraberinde geliştirmesi, kilisenin ve engizisyonun giderek etkisizleşmesine neden oluyordu. Bu yüzden zamanla Engizisyon Mahkemeleri eski niteliğini kaybetmiştir.
